Moment Przeistoczenia był najtrudniejszy dla Ojca Pio.
PRAWDZIWA OFIARA
"Świat mógłby istnieć bez słońca, lecz nie mógłby istnieć bez Mszy św." - powiedział kiedyś Ojciec Pio.
"Gdy jestem z Jezusem utajonym w Najświętszym Sakramencie, bardzo mocno bije moje serce. Czasem wydaje mi się, że moje serce wyskoczy mi z piersi. Będąc przy ołtarzu, odczuwam niekiedy, że ogarnia mnie ogień i wprost nie potrafię tego opisać. I wydaje mi się, że z determinacją idę do tego ognia". 
Codzienna Eucharystia sprawowana przez 58 lat była sensem jego życia. Wstawał w środku nocy, aby się do niej przygotować. Po jej zakończeniu długi czas spędzał na modlitwie dziękczynnej. Nie było w kościele człowieka, który patrzyłby obojętnie na to, co działo się przy ołtarzu. Wielu kapłanów wyznało, że dopiero w San Giovanni Rotondo zrozumieli, czym jest Najświętsza Ofiara.
Msza święta sprawowana przez ojca Pio trwała zazwyczaj ponad dwie godziny. Ludzie w napięciu śledzili każdy gest kapłana  nie odczuwając upływającego czasu. Kapłan poruszał się powoli, jakby przygniatał go niewidzialny ciężar. Widać było, że cierpi. To nie było zwykłe sprawowanie obrzędu, lecz prawdziwa Ofiara. Wszyscy, którzy w niej uczestniczyli mieli wrażenie, jakby naprawdę szli na Golgotę i stali u stóp krzyża. Na czole Ojca Pio pojawiały się kropelki potu, z oczu płynęły łzy. Najtrudniejszy był moment Przeistoczenia. Zdarzało się, że przejmująca ciszę przerywał nagły szloch lub głośne wyznanie odzyskanej wiary. Widok przebitych dłoni unoszących Hostię wzruszał wszystkich. Kto choć raz uczestniczył we Mszy św. odprawianej przez Ojca Pio, nigdy tego nie zapomni.
Ostatnią Mszę św. Ojciec Pio odprawił w przeddzień śmierci, 22 września 1968 roku.